Pada tahun 1971 berdirilah lembaga Pendidikan Guru Agama (PGA) Muallimin, 4 tahun berlokasi di Desa Ngraho Kecamatan Ngraho Kabupaten Bojonegoro Yaitu Ujung Barat Perbatasan Kabupaen Ngawi Dan Blora, sejak tahun 1978 menjadi Madrasah Tsanawiyah MTs “Al Fatah”. Pendirinya antara lain (H. Karno Hasan, H. Asrori, H. Ismani, dan Lain –lain) tokoh masyarakat pada waktu itu.

Berdasarkan Keputusan Mentri Agama Republik Indonesia, Nomor

515 A Tahun 1995, Tanggal 25 November 1995 Status Mts Al Fatah Menjadi “NEGERI” Dengan Nama Madrasah Tsanawiyah Negeri Ngraho (MTs N Ngraho) Kabupaten Bojonegoro

Atas dukungan masyarakat, Yayasan Pendidikan Islam “Raden Fatah” desa Ngraho yang merupakan induk “MTs Al Fatah” mendapat tanah wakaf dari H. Affan. Berangkat dari sarana prasarana yang sangat sederhana dan selanjutnya terus berkembang terwujudlah bangunan Madrasah yang permanen meskipun belum mencukupi kebutuhan minimal ruang belajar dan penunjang lainya.

Pada tahun 2016 diterbitkan KMA Nomor 673 Tahun 20216 tentang Perubahan nama Madrasah Negeri di Provinsi Jawa Timur, yang menyebutkan bahwa MTs Negeri 4 Bojonegoro berubah nama menjadi MTs Negeri 4 Bojonegoro.

Saat ini Madrasah Tsanawiyah Negeri 4 Bojonegoro semakin mendapat kepercayan masyarakat dan semakin besar, seiring dengan ini maka perlu adanya perhatian pemerintah dalam segala hal, utamanya sarana prasarana yang memadai.